华西药学院为药学一级学科博士学位授权单位，包含药物化学、药剂学、药物分析学3个二级学科博士授权点和药物化学、药剂学、药物分析学、生药学、微生物与生化药物、药理学6个二级学科硕士授权点。可招收培养药物化学、药剂学、生药学、药物分析、药理学、临床药学、药事管理学、天然药物化学、靶向药物设计学等研究方向的博士研究生；可招收培养药物化学、药剂学、生药学、药物分析、微生物与生化药学、药理学、临床药学、药事管理学、天然药物化学等研究方向的硕士研究生。药学院现有博士研究生导师18人，硕士研究生导师26人。