天然药物学系设置天然药物化学和生药学两个专业方向，依托天然药物学四川省重点实验室开展天然药物资源利用、活性成分和化学全合成等研究工作。现有教师16人，其中教授5人，副教授7人。拥有国家杰青1人，教育部新世纪优秀人才1人。近年来，本系教师承担科技部重大新药创制、国家自然科学基金重点项目等科研项目多项；已形成生物碱化学和糖化学两个特色研究领域，是我国重要的天然药物科学研究和人才培养基地。
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